医保卡余额为零的原因一般有;
1.医保机构还没有进行划账，如果参保人才刚刚拿到医保卡不久，查询余额时发现为零，可能是因为医保经办机构还没有正式划账，只需要耐心等待即可;
2.查询方式不正确，社保卡中一般是包含两个账户的，其中一个是银行卡账户，二者不通用，因此，如果是在ATM机进行余额查询的话，那么只能够查询到银行卡账户中的余额，如果没有使用过银行卡账户的话，那么余额自然会显示为零;
3.灵活就业人员按照最低档缴费是不设立医保个人账户的，因此余额为零;
4.城乡居民医保不设置医保个人账户，因此余额为零。
医保卡余额一般可以按照以下方式进行查询：
1.可以携带好自己的身份证和医保卡前往当地医保服务中心查询;
2.可以拨打当地的社保服务中心热线进行查询;
3.可以携带好自己的身份证前往定点药店，要求工作人员帮忙查询;
4.可以在当地的社保服务中心官网进行查询，比如长沙可以在“长沙市12333公共服务平台”官网查询，登录之后就可以看到社保相关信息，包括医保卡余额信息、社保缴费信息等;
5.可以在支付宝查询，从首页的“便民生活”进入 “城市服务”中，点击社保，就可以查询到医保相关信息了;
6.可以在当地社保官方公众号查询，比如武汉可以在“武汉医保”公众号查询;
7.可以在当地社保的官方APP进行查询，比如武汉可以在“鄂汇办”APP查询，从首页“个人医保账户”进入，就可以查询医保卡余额信息了;
8.在医保的定点医疗机构使用医保卡支付自费医疗费用时，可以看到自己的医保卡个人账户余额;
9.可以在当地社保的合作银行APP查询，比如长沙可以在“e钱庄”APP查询，从“我的账户”进入后，就可以看到医保卡账户，点击进入查询账单信息即可;
10.可以在当地社保的合作银行公众号查询，比如长沙可以在“长沙银行”公众号查询，在菜单栏找到“乐生活”，进入“社保服务”后，就可以查询社保的相关信息了。